[danjel]

30-70 mb, hur många rader data?

Kolla alternativet med FTP som nämnts. Det går att ansluta till ftp servern från php script.
Hursomhelst är det inte lämpligt att använda webbformulär för så stora filer.

Men gör så att du delar upp detta i två delar
1, filuppladdning på något vis till servern, kolla om de t.ex kan ftp:a till en mapp på din server
2, ett php script som hanterar den uppladdade filen,
detta kan mest lämpligen göras så att ett cron jobb körs med jämna mellanrum.

För övrigt så använd transaktioner med databasfrågorna. Annars kan du få korrupt data.

Vad gäller databasfrågorna så misstänker jag de tar rätt lång tid.
Testa att ta tid på de olika frågorna.
Tabelltyp är den MyISAM eller InnoDB?

Ett eventuellt alternativ är att ta bort eventuella index på 'products' tabellen innan du kör alla inserts.
Och sen lägga tillbaka index efter inserts, men det tenderar att bli rätt avancerat.

Kolla om det finns index på dessa kolumner där "where" används:

SELECT id, advertiserProductUrl FROM products WHERE `new` = 1
DELETE FROM products WHERE fresh = 0