[qson]

Jag har också haft detta problem :-)

Ha alltid en tydlig specifikation av vad som skall göras.
Jag jobbar mest med programmering/utveckling, men det känns som det är viktigt även för design och layout.
Dela upp specifikationen i många små delar, skriv upp dem så detaljerat som möjligt. Sätt sedan tidsuppskattning på varje liten del, ärligt vad du tror det tar att slutföra den delen. (räkna inte med den del där du måste "lära dig" utan "effektivt arbete", men självklart som emilv skriver att göra t.ex. manualuppslagningar).

När du har denna tidsspecifikation kan du använda den som tidsuppskattning om du jobbar per timma, eller utgå från den för att skapa ett fast pris.
Om du skall sätta ett fast pris räknar du den uppskattade tiden gånger ett högre timpris (ca. 20-50 % högre) för att säkra att du får betalt även om det tar lite längre tid än beräknat, samt eventuella "garanti-ärenden" eller efterföljande support.