[yakuzaemme]

Vill du även köra lite HTML5 (inte rekommenderat om dina besökare kör exempelvis IE 8 eller lägre) så kan du köra ditt egna data-attribut på varje länk, exempelvis:

<a href="#" class="linkre" data-url="www.example.com"/>Example.com</a>

Och sedan jQuery:

$("a.linkre").click(function() {
//Stäng popup här, exempelvis $(this).parent().hide();
window.location.replace($(this).data("url"));
});

Om sidan "hoppar" innan den stänger popup/redirectar, kör javascript:void(0) istället för # i anchor-elementet. Lycka till!