[pelmered]

Det finns en del plugins som jämför alla filer i din WP-installation med originalfilerna både i Wordpress core och i plugins från Wordpress plugin directory för att upptäcka om det är något virus som har gjort ändringar. Gör man egna ändringar kan man ignorera dessa.

Ett sådant plugin är WordFence. Det lägger även till en hel del andra säkerhetsfunktioner som t.ex. bruteforce-skydd.
Det finns dock fler plugins som fungerar på samma eller liknande sätt.

[Nerix]

Är det inte de här man har en pakethanterare till som signerar paketen/innehållet? Java har Maven, Ruby rubygems, Python easy_install, PHP måste väll ha något liknande så ni slipper kopiera filer fram och tillbaka?