Magento är ganska avancerat och svårt att behärska, speciellt om man vill in på djupet och ändra. Magento är förmodligen det bästa alternativet om man vill ha en plattform med hög prestanda och som skalar bra trotts väldigt många produkter(5000+).
Ett annat väldigt bra alternativ som är på stark frammarsch är
WooCommerce. Det är en plugin till Wordpress vilket både medför en del fördelar såväl som en del nackdelar. Det är väldigt enkelt att komma igång samt administrera butiken. Det är även relativt enkelt att utveckla och anpassa butiken, speciellt om man har erfarenhet av Wordpress-utveckling sedan tidigare. Till nackdelarna hör väl att det kan bli lite problem med prestandan om man har många produkter och hyfsat många besökare, speciellt om man vill ha mycket specialfunktionalitet och plugins. Det finns dock en del lösningar för att snabba upp och de räcker oftast långt om man har koll på vad man gör.
För de flesta mindre e-butiker tycker jag WooCommerce är ett väldigt bra alternativ.