Jag använder mig av mysqldump som följer med i MySQL installationen. Det går ju att skripta lite så det fungerar som man vill.
Jag kör detta på en windows server med en scheduled task: *obs det är inte hela koden*
Kod:
@echo off
echo * Dumping the database!
echo.
call .\_\mysqldump.exe –e –u[username] -p[password] -h[hostname] [database name] > C:\[filename].sql
echo.
echo * Database is now dumped, press any key to continue.
pause >nul
Går självklart att göra så att filen flyttas automatiskt till en FTP eller liknande. Finns också en version för linux och kan hjälpa dig skriva ett skript i perl/python om du behöver hjälp med det om du vill köra en "hemmafix" som jag gör
*EDIT*
Såg nu att du efterlyste ett program som sköter all backup. Det är också möjligt.