[Clarence]

json_encode och json_decode har normalt sett inga problem med radbrytningar. Jag har aldrig upplevt det och använt funktionerna ett oräkneligt antal gånger.

Det allra vanligaste problemet skulle väl vara att man tittar på resultatet som ett html-dokument och därför inte ser radbrytningen om man inte visar källa. Men posta hela din kod så går det kanske lättare att identifiera ditt problem.