[Clarence]

Ett enkelt alternativ som jag ibland väljer är att lägga till (de relevanta delarna av) raderna i en kö, eventuellt med unikt index över aktuella fält, för kommande jobb att utföra. Sen har du ett script som med jämna mellanrum kollar av om det finns nya jobb att utföra. Det scriptet kan sedan fördela arbetet till fler processer om du vill kunna utföra det parallellt (beroende på de externa APIerna kanske det inte ens är önskvärt?).

Skulle det sedan vid någon punkt bli väldigt mycket jobb att utföra är det enkelt att utöka och effektivisera ett sådant system genom t ex gearman.

Använder du transaktioner så se till att, som studiox sa, använda innodb-tabeller då de är den enda (default-shippade) tabelltypen med transaktionsstöd för mysql.