[Jine]

Versionshantering och då även av databasen (YAML-filer t.ex.) is the way to go.
Större uppdateringar / ombyggnad görs helst på egen subdomän & manuell ompekning.


EDIT:
Större projekten jag har varit iblandade i har det funnits ett par utvecklingsversioner, en/flera QA-versioner samt en prodmiljö.

Devversionerna är dev-kod men med dev-specifik data (ej proddata).
QA-versioner består av både QA-data (kunds test av nya funktioner eller dylikt, även här man kan sköta omskalning av bilder och liknande "större" uppdateringar) samt en skarp QA miljö med senaste data från prod - tillsammans med kod och uppdateringar ifrån QA-versionen innan.

När skarpa QA-versionen är godkänd av kund så pushar man hela QA till PROD, och då är det även garanterat att fungera då det blivit validerat i 2-3 steg.