[qson]

Jag håller på med en liknande lösning, och precis det du frågar om finns i MySQL, eller åtminstone i MyISAM-motorn.
I din tabell har du två kolumner: AnstalldId och RapportId.
Skapa sedan en PRIMARY KEY bestående av båda dessa kolumner

PRIMARY KEY (AnstalldId, RapportId)

Sedan sätter du RapportId-kolumnen till auto_increment.
Då kommer MySQL/MyISAM att ha egna auto_increment-värden för varje AnstalldId. Du behöver då heller inte lägga in några värden för detta i SQL-frågan, utan sätt RapportId till NULL så fixar MySQL det själv.

Mer info:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...increment.html
(tredje stycket)