[pelmered]

Din största flaskhals verkar utan tvekan vara databasen utifrån de där två bilderna. Det är också datanbasen som nästan alltid blir den första flaskhalsen i webbaserade system.
Du har väldigt kraftig hårdvara för såpass lite besökare så du borde kunna optimera en hel del och till och med kunna dra ned resurserna på din VPS en hel del.

Kolla först på MySQL-inställningarna som Adestro nämnde ovan.

Kör du någon form av cache förutom den inbyggda i MySQL?
Om inte, vad kör du för formmjukvara?
Det finns bra cacheplugins till de flesta forummjukvaror som använder memcached eller något annat minnesbaserat cache-system så att du slipper fråga MySQL varje gång utan kan hämta direkt ifrån minnet - Det gör underverk för prestandan!
Memcached installerar du väldigt enkelt genom att köra:

apt-get install memcached php5-memcache

Nginx är en webbserver som jag tycker är mycket bättre. Framför allt är Nginx mycket bättre på att hantera många samtidiga anslutningar än vad apache är. Att köra PHP-FPM ger också riktigt bra prestanda och gör ditt system mer skalbart. Du kan då enkelt lägga ut PHP-proccenseringen på en annan server eller ett serverkluster, men det bör du inte ha behovet av riktigt än.