javascript körs på klienten och kan därför inte utföra det du vill. Dock finns det javaapplets (inte att förväxla med javascript, kräver java hos klienten) som storleksförändrar innan uppladdning.
Dock är det nog GD eller ImageMagick för php som du behöver.
http://se.php.net/gd http://se.php.net/manual/en/book.imagick.php
Det kör du i samband med uppladdning och med fördel laddar man upp bild till minnet på servern, kontrollerar om det är en bild, sedan bredd och höjd med gd och gör ev åtgärder och slutligen sparar till lämplig plats och med lämpligt filnamn.