Jag frågade den som byggde sidan från början om man kunde lösa det genom att lägga PHP kod i CSS filen så att man har bara en CSS, men han sa att vissa servrar inte klarade detta. Vet inte riktigt hur det kan krångla. Man skulle eventuell kanske kunna genererara olika .css filer från en css.php fil så att man i alla fall utgår från en fil när man jobbar.
Ni hör vilken nybörjare jag är :D

ja.. för som jag och andra redan sagt.. en css fil.. ingen php/asp kod i den.. en enda CSS (eventuellt flera för att dela upp css koden om det är mycket..)

men aldrig en för MSIE och en för dom andra osv..

Du kan ju välja css-fil för IE:
http://virtuelvis.com/archives/2004/02/css-ie-only

Men som alltid rekommenderar jag en riktigt DTD så du inte får IE i "quirks-mode". Då brukar det funka bra i alla läsare.
http://alistapart.com/stories/doctype/