IE6 tycker jag gott de flesta kan strunta i vid det här laget. Vi har själva satt gränsen vid IE7 efter att Google gjorde det.

Om man kör xhtml istället för quirks mode i ie6 skall det inte vara några större problem.

Jag använder det sällan. Om man måste förlita sig på negativa magins för att få ihop designen har man i de allra flesta fall har gjort fel i markupen. Det ska normalt sett inte behövas.
I undantagsfall kan det vara okej om alternativet är värre, men helst inte är min åsikt.

det behöver inte vara fel i markuppen,

låt säga att vi har en header som har position fixed, sedan vill man ha en knapp som flyter utanför denna yta, då måste man köra minusmarginaler.

I de flesta fall skrev jag.

Måste man väl inte?
Det räcker ju med att du har margin i toppen och sedan specificerar höjden, alternativt kör med absolut positionsring på knappen i headern.