Har du ingen error-hantering implementerad i din PHP? Får du ett fatalt fel bör du kunna fånga det med följande metod:
http://stackoverflow.com/a/2146171
I värsta fall får du väl begränsa access till din webbplats (t.ex. via ett filter i .htaccess) och slå på visning av fel i produktion och försöka provocera fram felet.
Att en databasfråga skulle generera fatala fel låter inte bra. Du bör ju sätta limit på alla frågor som kan generera mer data än vad du har minne till.