Beror på vad det är för app. Måste du använda någon funktion i telefonen som du inte kommer åt via HTML5 så kör native. Annars funkar phonegaps online tjänst riktigt bra. Men så fort du behöver custom plugins blir du tvungen att ladda ner phonegap/cordova som är väldigt buggigt, mycket som inte funkar som det borde, tar massa onödigt extra tid.
Phonegap har en lista med appar skapade med hjälp av phonegap:
http://phonegap.com/app/