Håller med och vill också ha rent och snyggt. Det är lite jobbigt med Search Console eftersom Google tolkar dem som olika sajter.
http://domän.se
https://domän.se
http://www.domän.se
https://www.domän.se
I vissa fall, t.ex. när man väljer huvuddomän, så måste övriga varianter verifieras och finnas i Search Console-kontot. Har du korrekta ompekningar till huvuddomänen är det nog ingen fara att ta bort "dubbletter" från kontot.
Jag har inte helt lärt mig nya Search Consoles gränssnitt, men kanske kommer det en snyggare lösning där.