Ja, om en sträng är i UTF8 och en annan i ISO8859-1 så kommer de inte att matcha (givet att de innehåller tecken från den utökade delen, vilket man nog bör förutsätta att de kan). Vad du får göra är att göra om en av strängarna till det andra formatet innan jämförelse, det kan du göra med t.ex.:
http://php.net/manual/en/function.iconv.php