Jag har råkat ut för samma sak (W2000 och Firefox 1.0). Som tur är så hade jag backup på mina, så det var lätt att återställa dem. Det märkliga är att det hände två gånger för ca ett år sen, och inte en enda gång sen dess.
Jag googlade lite och det här verkar inte vara ett okänt problem. Kolla t.ex. här:
http://home.att.net/~cherokee67/fflostbkmk.html