Det jag brukar göra är att installera mytop som är som top fast för mysql. Gör det enklare att övervaka vilka frågor det är som tar tid. Man får även ut siffror som antal frågor per sekund, hur stor procent av frågorna som cachas mm. Ofta brukar det vara en eller några få frågor som slöar ner. När jag väl hittat vilka det är så är det bara börja trixa med EXPLAIN för att se varför just de är långsamma. Detta hjälper ju ioförsig inte om det är hårdvaran som är flaskhalsen men själv tycker jag den burken borde klara med, men det beror självklart vilka frågor och antal frågor som ställs.
För optimering av MySQL skulle jag tipsa om boken:
http://highperformancemysql.com/ . Själv hade jag enorm nytta av den.