Jag skulle ha behållt siten uppe men skicka tillbaks "felkod" 503 (temporary unavailable typ) i headern för alla requests och visat en trevlig förklarande sida för besökarna (glöm inte bort att berätta när siten beräknas vara tillbaka online!)
På så sätt så bör både sökmotorer och besökare bli glada, och om du lägger in en banner så kanske du får in lite stålar ;D
http://www.w3.org/Protocols/rfc2616/rfc2616-sec10.html