Funkar det i firefox? IE kan vara kinkig med såna saker som procent och höjder. I just detta fallet måste du väl sätta en höjd på cellen tabellen ligger i, annars lär det inte funka.
Annars är mitt standardsvar detta: Behöver du sätta height: 100% så har du ett designfel. En <table> används för att visa tabell-data. Är det till layout du ska ha det så finns det bättre metoder än att använda tabeller.