Orkar inte läsa dom andras svar men hoppas inte någon redan svarat
#1) Se till att ha dom senaste uppdateringarna till system och programvara (mysql, php, apache, etc)
#2) Använd en brandvägg och blockera all trafik till/från alla portar förutom dom som är nödvändiga, t.ex. port 80
#3) Få någon kunnig att konfigurera servern. Mycket kan göras genom andra filsystem och andra konfigurationer av hårdvara / mjukvara så att prestandan blir utmärkt.