Serverside-redirects med en header om varför man blir omdirigerad är väl det bästa ur seo-synpunkt. T.ex (PHP):
header ('HTTP/1.1 301 Moved Permanently');
header ('Location:
http://www.sida.com/annansida.php');
I ASP får man använda Response.AddHeader om jag inte minns fel.
Varför de inte gillar javascriptredirects är för att de tror att man använder spegelsidor för att locka traffik till en annan sida.