Testa slå på persistant connections istället, så återanvänder du anslutningarna => drar mindre kraft dessutom (kan ge lite luriga buggar om du använder temporära tabeller, så passa dig lite där).
Annars kan du testa sänka interactive_timeout och wait_timeout i my.cnf så att det inte ligger massa anslutningar och väntar.
Edit: jag skriver som vanligt vad jag tänker och inte vad jag menar