Vid hemmabygge skulle jag rekommendera dig att åtminstone köra 3U med tanke på att du ska ha 4-5 diskar där + att P4
r är lite ökända för att avge värme
Dessutom behövs då inga specialkomponenter på höjdled (fläktar/heatsink t.ex.)
Ska man köra 1-2U är det bättre att köpa en färdig lösning, blir så otroligt trångt annars och svårt att få rätta luftflödet.
Angående din andra fråga, dolda 3.5"-platser är upphängningar på insidan av chassit för hårddiskar. Har du bara bra luftflöde i lådan brukar det inte vara några problem att stapla diskar i alla sådana.
Det är iaf mina erfarenheter.