Svarar mig själv med ett visst, det går ju utmärkt.

En ALTER med ADD lägger till ett id och auto_increment numrerar de befintliga raderna snyggt och prydligt från 1 och upp.
Men ett problem är att genom att lägga till ytterligare ett fält så gör jag tabellen 20% större, vilket motverkar själva avsikten med hela proceduren.
Jag skulle tro att en DELETE med LIMIT utan WHERE borde ta bort rätt rader, de första, eftersom det gick att lägga till ett idfält som numrerade raderna i korrekt ordning. Då borde ju även limit ta dem i rätt ordning, tycker man...