Jag har skrivit en artikel om hur man gör såna saker i php/mysql. Det går att göra ganska mycket med bara grundläggande kunskaper:
http://www.tydal.nu/article/76
I ditt fall skulle du bara behöva lägga till en kolumn som talar om vilken guide som kommentaren hör till, och sen när kommentarerna ska visas så lägger du till guidens namn som ett villkor (WHERE) till vad som ska plockas fram.