Hmm.. jag har det på följande sätt:
Varje domän har en separat logfil, sedan har jag skapat en config-fil som heter awstats.domain.conf, då kan man enkelt gå till awstats.pl?config=domain och få statistik för aktuell domän.
Dom där config-filerna borde du relativt enkelt kunna automatgenerera (även om jag gör domför hand

).
Sen så behöver du juh inte ha datafilerna i olika kataloger, varför lixom? Dom döps automatiskt efter varje config.