Det finns flera möjliga alternativ. Du kan använda PHP's
Output Buffer för att fånga upp det (genererade) innehållet från filerna du inkluderar. Därefter får du söka igenom innehållet du buffrat upp och göra en search/replace för att sedan inkludera nästa fil - och börja om från början. Jag skulle antagligen implementera detta som en rekursiv funktion...
En annan lösning skulle vara att öppna upp filen för läsning och gå igenom den rad för rad istället för hela filen på en gång. Alternativ 2 innebär att PHP-kod i filen inte kommer att exekveras.