Nu vet jag inte vilken IE version du snackar om här.. men <=IE6 har inte stöd för fixed positionerade element (IE7 strict mode, om ja inte minns helt fel). Snackar vi också om positionerade element (inte static då, som är default) så är IE6's stackorder prutt.
Gör om gör rätt! visa en screenshot på designen/layouten ifråga så kanske du tom kan få lite hjälp på traven