Du gör lite dubbelt arbete med din config.
Du talar inte om att den skall hantera kataloger som en fil, bara att filer som är *.php skall hanteras.
Kod:
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^/([A-Za-z0-9_-]+)/([A-Za-z0-9_-]+)/([A-Za-z0-9_-]+)/$ /$1_$2_$3.php [NC,L]
RewriteRule ^/([A-Za-z0-9_-]+)/([A-Za-z0-9_-]+)/$ /$1_$2.php [NC,L]
RewriteRule ^/([A-Za-z0-9_-]+)/$ /$1.php [NC,L]
</IfModule>
RewriteCond ovan är bra i detta fallet om man har JS, CSS mfl i andra kataloger som hämtas av klienten, för att förebygga att filerna går igenom PHP scripten.