Om du har tillgång till ditt skal kan du enkelt se vilka frågor som körs för tillfället med kommandot:
mysqladmin -u root -p processlist
För att gå vidare, börja med att identifera långsamma frågor genom att tex mäta tiden dom tar att exekvera under normal körning, logga tex alla frågor till en fil inkl exekveringstid (mät innan och efter mysql_query).
Sedan kan du i mysqls konsol använda kommandot "explain" (
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/EXPLAIN.html) för att se vilka index en fråga använder. Läs på om explain så kommer du att snabbt och effektivt kunna se vart du kan lägga till ytterligare index.
Grundläget är dock att alla fält som du har med i en WHERE kan indexeras.