Jag har ingen erfarenhet av just Debian, men har kört egen server flera år (Suse, i olika versioner).
Om du använder Apache kommer alla användare att automatiskt få en katalog som är åtkomlig från internet: adressen
http://www.server.se/~kalle/index.php tolkar Apache som filen /home/kalle/public_html/index.php .
Vad gäller FTP har jag bara använt vsftpd, som jag tycker har fungerat bra för mig. Du behöver inte skapa användare specifikt för vsftpd, utan den använder de användare som finns inlaggda i systemet. Det enda jag gjort när jag skapat nya användare är att jag har lagt till dem i en configfil så att de inte kan komma ur sin egen /home/-mapp. På det viset kan de heller inte ställa till med större problem.