[Clarence]

Det var inga problem att lägga wordpress i en underkatalog och lägga in egen header/footer senast jag testade. Bör finnas detaljerade och fullständiga guider för detta på Wordpress Codex.

Just för att Wordpress är såpass enormt stort jämfört med dess alternativ tror jag att det för speciellt den ovane blir enklare i längden pga färdiga plugins och att det är lätt att hitta detaljerad hjälp oavsett vad man vill göra.