[JakeWins]

saveDialog är odefinierad eftersom IE tycker sig hitta ett eller flera syntaxfel.

Jag orkar inte läsa igenom all koden - men ofta när IE krånglar när du kör prototype beror det på att något element inte extendats trots att prototypes dokumentation säger att så ska vara fallet.

Ofta i samband med att du begär listor med element. Exempelvis är elementen som returneras av $('minDiv').select('.någonKlass') extendade i alla browsers utom IE.

Använder du då någon av prototypes element-funktioner kommer IE att släcka ner.

Jag ser inte ett enda try..catch i din kod - koda med ordentlig exception-hantering så går sånt här mycket lättare!