[coredev]

Vad du är ute efter är en Profiler.. Med en profiler kan du se vilka funktioner / vilken rad som äter tid. Det är dock avancerade verktyg och du bör vara mycket kunnig i både flinux, php och apache för att få till det.

Men i ditt fall är det säkert en SQL-fråga som spökar. Vad du kan göra är att ersätta alla dina mysql_query mot en egen global funktion där du loggar alla frågor + response time.