[Clarence]

Ett par isset lär inte göra någon märkbar skillnad.

Förmodligen är det just några SQL-frågor. Det låter som om det är en färdig programvara du använder och isåfall har du förmodligen också en databas-klass där du kan skriva ut svarstiderna för frågan. Har kontroll över sql-servern kan du annars slå på slow query log.

Är det mot förmodan några dumheter i PHP-koden eller något i den stilen och du dels har väldigt stor kodbas och sedan inte har någon koll på var felet kan finnas kan du använda en PHP debugger. Två gratis sådana är xdebug (xdebug.org) och DBG (dd.cron.ru/dbg).