Vet inte hur det är i Windows med sånna verktyg, men själv använder jag program i Linux för det där. Det är kanske inte klockrent, men det funkar för det mesta.
Kod:
$ pdf2ps fil1.pdf
$ pdf2ps fil2.pdf
$ psmerge -oalla.ps fil1.pdf fil2.pdf
$ ps2pdf alla.ps alla.pdf
Vet inte om motsvarande finns i Windows.