Jag skulle välja att fixa så att du kan sätta height:en till 100% istället för att specificera en viss height i pixlar.
Gjorde två exempel, första är ett exempel på 100% height med css och den andra är även den 100% height med en en länk i div:en #foo som ligger bakom #content div:en, vid hover så byter den bakgrund från mörkgrå till svart..
Vad jag gjorde är att div:en #foo har z-index:1, sedan har #content z-index:2. #foo ligger absolut positionerad medans #content har relativ positionering vilket tillsammans med ett högre z-index lägger den över #foo.
Hojta om jag missförstått vad du söker, men jag tror att jag löste det.
Exempel:
http://magnusforsberg.com/demos/full-height.html
http://magnusforsberg.com/demos/full-height-link.html