Om databaserna ligger på samma maskin är det ju inga problem att ställa frågor som joinar data mellan flera olika databaser.
Kod:
SELECT * FROM db1.table1, db2.table2 WHERE ...
Sedan går det ju alltid att bygga en SQL som just "ändrar" värden till en sorterings ordning.
Kod:
SELECT *, CASE id WHEN 5 THEN 1 WHEN 9 THEN 2 WHEN 2 THEN 3 ELSE NULL END AS sort_order FROM table WHERE id IN (5,9,2) ORDER BY sort_order ASC
Brasklapp för syntaxen i sista frågan, men en dynamisk uppbyggd CASE-sats kan ge dig sort order.