Ah, självklart... Sorry för den missen. Men som du förstod så var det PHP :-)
Testade med följande, som tyvärr inte ekade ut något
Kod:
$string = '<h1>Hejsan du</h1> hahahahah <h1>wee</h1> gigigigigi <h1>apa hål</h1> dfjjsdfjk <h1>hej apa</h1>';
echo preg_replace('/<h1>([^<]*)(\pL+)<\/h1>/ui', "<h1>$1<em>$2</em></h1>", $string);
exit();