[David]

Stäng av mysqld och kör myisamchk (eller ett annat verktyg om du inte har myisam-tabeller) om du inte gjort det. Kör med --sort-index om du inte gjort det på länge. Om det inte hjälper så säg till igen.

mysqld använder 99.9% av processorn för mig också - men bara i korta intervall.