Om de andra domänerna (B-D i exemplet ovan) redan finns i sökmotorerna så är det bara att lämna dem där och se till att du gör Redirect 301 korrekt så kommer sökmotorerna att fatta galoppen efter hand (precis som posten m fl tar till sig en adressändring).
Min erfarenhet är att om du har domänerna B-D listade i sökmotorer med undersidor och vill peka om dem till domänen A OCH det finns sidor med liknande innehåll på A som på B-D så är det värt att lägga in Redirect 301 för varje enskild sida för att överföra eventuell länkkraft etc på ett bra sätt.
Alltså istället för att bara göra:
Redirect 301 /
http://www. nysajt. se/
Istället:
Redirect 301 /sidommtefat.html
http://www. nysajt .se/tefat.html
Redirect 301 /sidaomkaffekoppar.html
http://www. nysajt .se/kaffemuggar.html
Redirect 301 /
http://www. nysajt. se/
Har man flera tusen sidor kanske man inte orkar göra detta, men då kan det vara värt att plocka godbitar och göra det för och resten får klara sig med den sista raden som pekar om allt.