Om det är en applikation som kan logiskt delas upp i sidor skall det inte vara några problem.
Vad du skall göra först och främst är se till att det är möjligt att djuplänka till specifika sidor i flashapplikationen.
Du kan kolla in swfAddress för att fixa den biten.
http://www.asual.com/swfaddress/
Varje "state" eller sida i din flashapplikation har då ett id parameter som du kan länka med.
Om jag t.ex. frågar efter sidan "blablabla" så laddar flash in och presenterar det relevanta innehållet från databasen.
Saknar användaren flash så plockar du upp samma id med PHP i din flashcontent div, och läser in och presenterar samma data men denna gången med HTML istället.
För att få sökmotorn att plocka upp samtliga sidor får du se till att alla sidor finns länkade från innehållet i din flashcontent div då man laddar sidan utan en parameter specificerad, alltså får du återskapa den navigation du har i din flashapplikation i HTML.
Svårt att förklara hela processen med några ord, men kolla in det seo exempel som kommer med swfAddress så kanske det blir lite tydligare.