Jag har själv alldrig använt mig utav expression engine, men jag vet att edn bygger på Code Igniter vilket jag använder dagligen.
Att få bort /index.php/ är inga problem, bara att slänga in en .htaccess fil. Om jag inte minns fel så finns det till och med en liten guide över hur man fixar det i codeigniters wiki.
http://www.codeigniter.com