Håll all mjukvara uppdaterad och ha bara tre öppna portar på servern: 80, 443 och 22. Kör bara stabila versioner av all din mjukvara, inga betavarianter eller liknande.
80 ska bara redirecta till din SSL-sajt på 443. Kör kanske till och med en lättviktsserver typ lighttpd på port 80 som redirectar till apache på 443.
Använd public key authentication för SSH och stäng av lösenordsinloggning. IP-lås SSH-inloggningen om du är paranoid. Tillåt bara att din användare loggar in via SSH och får shell. Kör krypterade backups så ofta som är rimligt beroende på innehållet. Använd tripwire. Etc.
Använd inga webbaserade system för att administrera servern, eller om du måste, kör dom på en egen server och port, som bara lyssnar på localhost, och tunnla över SSH.
Där har du några tips