[eg0master]

om du gjort den som en console applikation har du ju ingen kontroll över "krysset" eftersom det tillhör cmd-fönstret.

Du har två lösningar:
1) Gör en ny win32 app (MFC kanske...). Att adda en handler för "kryssrutan" som bara gör minimize är trivialt om du kan MFC och sedan är det bara att fixa systemtray-delen. Kod för det hittar du garanterat på codeproject (har inte letat upp det åt dig). Integrera sedan din funktionalitet i detta program.
2) Gör en service (eller program enligt ovan) i valfritt språk (VB, C# whatever) och låt den sedan starta ditt console program som en ny process.