Varför gör du en console-app i windows? Ditt program körs ju i skalet (kommandoprompten vilket är ett annat program kan man säga, som du inte lär kunna bestämma över.
Jag hade gjort en windows-service som är själva bakgrundsprogrammet. Till det hade jag sedan gjort ett gui som man kan slänga ner i trayen. Jag har bara gjort liknande saker i delphi7, så jag kan inte hjälpa dig mer specifikt om du inte säger vilken miljö du kodat ditt program i