Vad menar du med att filerna slutar fungera?
Har koden förändrats? Har du några felmeddelanden i dina loggar? Det är lite svårt att svara på din fråga utan mer information.
Om du med "enorma stora script funktioner" menar att det är resurskrävande script som körs i realtid så kanske det är där problemet ligger men det är som sagt var omöjligt att veta utan att du ger mer information.